Forschungszulage bei Beteiligungen und Kooperationen: Was Start-ups vor dem Antrag wissen sollten

Dr. Anne Küsters, 21. September 2026  

Bei der Forschungszulage entscheidet nicht nur was entwickelt wird. In komplexeren Unternehmensstrukturen zählt auch, wer entwickelt, wo die Kosten entstehen und wie die beteiligten Unternehmen miteinander verbunden sind.

Das betrifft vor allem zwei Situationen: Ein Unternehmen gehört zu einer größeren Unternehmensgruppe. Oder mehrere Unternehmen entwickeln gemeinsam an einem FuE-Projekt. Beides kann die Forschungszulage beeinflussen, aber auf völlig unterschiedliche Weise.

Beteiligungen: Entscheidend ist nicht die Beteiligung, sondern die Kontrolle

Ein Unternehmen kann Investoren, Minderheitsgesellschafter oder strategische Beteiligungen haben, ohne dass dies die Forschungszulage unmittelbar verändert.Relevant wird die Struktur, wenn Unternehmen im Sinne des Forschungszulagengesetzes miteinander verbunden sind.

§ 3 Abs. 6 FZulG setzt dafür einen beherrschenden Einfluss im Sinne des § 290 HGB voraus. Typische Fälle sind klassische Mutter-Tochter-Strukturen, in denen eine Gesellschaft beispielsweise über die Mehrheit der Stimmrechte verfügt oder auf andere Weise die Kontrolle über eine andere Gesellschaft ausüben kann.

Warum ist das wichtig?

Seit 2026 liegt die maximale Bemessungsgrundlage für die Forschungszulage bei 12 Millionen Euro pro Kalenderjahr. Bei verbundenen Unternehmen gilt diese Grenze jedoch für den gesamten Verbund, nicht für jede Gesellschaft einzeln.

Nehmen wir einen Industriekonzern mit zwei forschenden Tochtergesellschaften. Tochter A kommt auf eine Bemessungsgrundlage von 8 Millionen Euro, Tochter B auf weitere 6 Millionen Euro. Obwohl beide eigenständige FuE-Projekte durchführen, können nicht automatisch 14 Millionen Euro berücksichtigt werden. Der Verbund teilt sich die Obergrenze von 12 Millionen Euro.

Genau deshalb sollten größere Unternehmensgruppen die Forschungszulage nicht isoliert pro Gesellschaft planen. Entscheidend ist der Blick auf den gesamten Verbund. Stellt nur eine Gesellschaft einen Antrag und wird die gemeinsame Grenze nicht anderweitig ausgeschöpft, reduziert die Verbundstruktur die Förderung nicht automatisch. Der Dokumentationsaufwand bleibt trotzdem: Im BSFZ-Antrag müssen in Deutschland steuerpflichtige verbundene Unternehmen angegeben werden, auch wenn sie selbst keinen Antrag stellen.

Beantragen dagegen mehrere verbundene Gesellschaften Forschungszulage und nähern sich gemeinsam der Höchstgrenze, wird die Aufteilung relevant. § 3 Abs. 6 FZulG berücksichtigt sogar spätere Änderungen: Verändert sich die Festsetzung eines verbundenen Unternehmens und damit die Verteilung des Höchstbetrags, kann dies auch Auswirkungen auf bereits bestandskräftige Bescheide anderer Unternehmen im Verbund haben. Die Fördergrenze folgt also nicht dem einzelnen Projekt. Sie folgt bei verbundenen Unternehmen dem Verbund.

Und was ist mit einer Beteiligung von 26 Prozent?

Hier lohnt sich eine wichtige Unterscheidung. Eine Beteiligung von beispielsweise 26 Prozent macht zwei Unternehmen nicht automatisch zu verbundenen Unternehmen im Sinne des § 3 Abs. 6 FZulG. Für die gemeinsame 12-Millionen-Euro-Grenze braucht es einen beherrschenden Einfluss.Die Beteiligung kann aber an einer anderen Stelle relevant werden: beim KMU-Status.

Nach der europäischen KMU-Definition können Unternehmen bei Beteiligungen zwischen 25 und einschließlich 50 Prozent als Partnerunternehmen gelten. Dann werden Kennzahlen wie Mitarbeiterzahl, Umsatz und Bilanzsumme anteilig in die KMU-Prüfung einbezogen. Das kann wiederum relevant dafür sein, ob ein Unternehmen den erhöhten Forschungszulagen-Satz für KMU nutzen kann. Für bestimmte Risikokapitalgesellschaften, Business Angels und institutionelle Investoren bestehen Ausnahmen.

Damit gilt: 25 Prozent können für den KMU-Status relevant sein. Für die gemeinsame Fördergrenze zählt dagegen beherrschender Einfluss. Gerade diese beiden Regeln sollte man nicht miteinander verwechseln.

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Kooperationen: Ein gemeinsames Projekt bedeutet nicht einen gemeinsamen Antrag

Die zweite Konstellation beginnt nicht im Cap Table, sondern im Entwicklungsprojekt. Ein Start-up entwickelt gemeinsam mit einem Industriepartner und einer Hochschule eine neue Technologie. Alle drei arbeiten auf dasselbe Ergebnis hin, aber jeder löst einen anderen Teil der technischen Herausforderung.

Genau dafür sieht das Forschungszulagengesetz Kooperationsvorhaben vor. Der zentrale Gedanke: Das Forschungsziel kann gemeinsam sein, der FuE-Beitrag muss trotzdem eindeutig zugeordnet werden.

Die BSFZ verlangt bei Kooperationsprojekten deshalb zusätzlich das übergeordnete Ziel der Zusammenarbeit. Im jeweiligen Antrag beschreibt das Unternehmen anschließend vor allem sein eigenes Teilvorhaben und seinen eigenen technischen Beitrag. Möchten mehrere Kooperationspartner die Forschungszulage nutzen, stellt jeder Partner einen eigenen Antrag auf Bescheinigung.

Das macht die Förderlogik klar: Ein gemeinsames FuE-Ziel. Eigene Arbeitspakete. Eigene Aufwendungen. Eigener Antrag. Sind die Unternehmen nicht miteinander verbunden, steht jedem anspruchsberechtigten Kooperationspartner grundsätzlich seine eigene Bemessungsgrundlage zur Verfügung. Genau das stellt § 3 Abs. 7 FZulG klar. Erst wenn die Partner gleichzeitig verbundene Unternehmen sind, greift wieder die gemeinsame Obergrenze des Verbunds.

Kooperation oder Auftragsforschung? Gleiche Technologie, andere Förderlogik

Besonders wichtig ist die Abgrenzung zur Auftragsforschung. Bei einer Kooperation arbeiten mehrere Partner eigenständig an einem gemeinsamen FuE-Ziel.

Bei Auftragsforschung vergibt ein Unternehmen dagegen eine konkrete FuE-Leistung gegen Entgelt an einen externen Partner. Das klingt nach einer kleinen formalen Unterscheidung. Für die Forschungszulage ist sie wesentlich.

Im Kooperationsvorhaben macht jeder anspruchsberechtigte Partner seine eigenen förderfähigen Aufwendungen geltend. Bei Auftragsforschung werden Auftraggeber und Auftragnehmer dagegen klar voneinander abgegrenzt; die BSFZ verlangt hierfür auch separate Angaben zu Auftragnehmern, Tätigkeiten und Auftragskosten.

Deshalb sollte die Struktur bereits vor dem Antrag stimmen. Wenn Vertrag, Arbeitspakete und tatsächliche Zusammenarbeit eine Auftragsbeziehung zeigen, sollte der Antrag nicht versuchen, daraus künstlich eine Kooperation zu machen, und umgekehrt. Die beste Struktur ist die, die das reale Projekt abbildet.

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Erst die Unternehmensstruktur klären. Dann das FuE-Projekt.

Bei Beteiligungen und Kooperationen geht es damit im Kern um zwei Ebenen.  

Die erste ist die Unternehmensebene: Gibt es einen beherrschenden Einfluss? Gehört das Unternehmen zu einem Verbund? Muss eine gemeinsame Bemessungsgrenze berücksichtigt werden? Und beeinflusst eine Beteiligung gegebenenfalls den KMU-Status?

Die zweite ist die Projektebene: Wer entwickelt was? Wer trägt welche technischen Risiken? Bei wem entstehen die Aufwendungen? Handelt es sich um eigenbetriebliche Forschung, ein Kooperationsvorhaben oder Auftragsforschung?

Sind diese beiden Ebenen sauber getrennt, wird auch ein komplexes FuE-Projekt deutlich einfacher abzubilden. Die BSFZ prüft anschließend die fachliche Förderfähigkeit des Vorhabens. Die tatsächliche Forschungszulage wird im zweiten Schritt für die entstandenen Aufwendungen beim Finanzamt beantragt.  

Für Start-ups und Industrieunternehmen bedeutet das vor allem eines: Die richtige Struktur sollte nicht erst entstehen, wenn der Antrag ausgefüllt wird. Sie sollte aus der tatsächlichen Unternehmens- und Projektstruktur heraus entstehen.

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FuE-Projekt gemeinsam mit DnA auf Förderfähigkeit prüfen

Du kennst dein Produkt. Dein Team kennt die technischen Hürden. Der nächste Schritt ist, daraus eine nachvollziehbare Bewertung des Förderpotenzials zu machen.

Bei DnA Ventures verbinden wir die Perspektive eines Early-Stage-Investors mit Industrie- und Technologieverständnis. Unser Fokus liegt auf Industrial und Deep Tech, und auf den Unternehmen, die neue technische Lösungen entwickeln.

Bei der Forschungszulage unterstützen wir dich von der ersten Einordnung über die Vorbereitung und Erstellung des Antrags bis zur Begleitung des weiteren Förderprozesses. Dabei geht es nicht darum, dein Projekt mit Förderbegriffen zu schmücken. Es geht darum, seine technische Substanz verständlich und nachvollziehbar darzustellen.

Erzähle uns, was du entwickelst, welche technische Frage noch offen ist und wie dein Team daran arbeitet. Gemeinsam schauen wir auf das mögliche Förderpotenzial und die nächsten Schritte.

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Über DnA Ventures

Aus der Industrie, für die Industrie: DnA Ventures verbindet Industrie- und Startup-Erfahrung mit Venture Capital und nicht verwässernder FuE-Finanzierung. Ansprechpartnerinnen für eine erste Förderfähigkeitsprüfung sind Anna Saari und Maite Pazmino.

Hinweis: Dieser Beitrag enthält allgemeine Informationen und ersetzt keine steuerliche oder rechtliche Beratung. Die tatsächliche Förderfähigkeit und Förderhöhe hängen vom Einzelfall ab. Rechtsstand: 8. September 2026.

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